被せものに穴をあけて再根管治療を行いました。その後穴を被せた形跡がないのですが、このままでいいのでしょうか？

まず、被せ物を除去して、根の治療をするのが基本です。理由は、被せ物の下で虫歯になっている可能性があり、被せ物を取らないと虫歯(感染)を完全に除去できないからです。また、唾液中には多くの細菌がいます。

つまり、蓋をしていない状態は、感染を起こさせていることと変わらないです。
よって、根の治療後は、より適合の良い被せ物をすることが重要となります。